Amasya Merzifon Havalimanı coğrafi konumundan dolayı Amasya`nın yanı sıra Tokat, Çorum ve Samsun`un bazı ilçelerindeki yolculara da hizmet vermektedir. Haftada 3 seferle başlayan THY İstanbul-Merzifon ve Merzion-İstanbul seferleri zamanla haftada 4 sefere çıkarılmıştır.Artan yolcu trafiği ve talep nedeniyle 2009 Aralık ayından bu yana ise THY bu sayıyı 7`ye çıkararak haftanın her günü karşılıklı sefer düzenlemeye başlamıştır.